Edward Nygma ist ein verschrobener Tüftler, der bei Wayne Enterprises arbeitet. Sein aktuelles Projekt ist eine Box, die die Gehirnströme von Menschen verstärken kann. Wayne stoppt Edwards Forschungen und dieser wird entlassen. Nygma wird wütend, stellt aber fest, dass er mit seiner Box auch die Gehirnströme von Menschen aufnehmen kann. Nygma tötet seinen direkten Vorgesetzten, indem er dessen Selbstmord vortäuscht und einen Abschiedsbrief fälscht. Er entschließt sich, eine zweite Identität anzunehmen und wird so zum genialen Superschurken Riddler. Kurz darauf verbündet sich Nygma mit Two-Face um das größte Rätsel zu lösen: "Wer ist Batman?". Dank des genialen Intellekts Riddlers und der Muskelkraft von Two-Face und seinen Gehilfen, rauben sie hunderte von Banken, Schmuckhändlern und Läden aus, um so Riddlers Nygma-Box produzieren zu können. Tatsächlich wird die Box zum gewaltigen Erfolg und Riddler kontrolliert schon bald Gotham City. Schon bald darauf befindet sich anstatt eines großen Fledermausszeichens ein Fragezeichen am Himmel, welches Batman provozieren soll.
Die beiden entdecken schließlich Bruce Wayne's Geheimnis und stürmen an Halloween Wayne Manor. Sie zerstören das Batmobil und entführen Bruce' Freundin Chase.
Gemeinsam machen sich Batman und Robin daran Chase zu retten. Robin kann Two-Face besiegen, entschließt sich aber ihn zu verschonen und wird dabei seinerseits gefangen genommen. Der Riddler will nun, dass sich Batman zwischen der Rettung Robin's und Chase' entscheidet um herauszufinden, ob dieser Batman oder Bruce Wayne ist. Batman sprengt die Maschine, wobei das Gehirn des Riddlers von zu viel Wissen überlastet wird.